Срединные, боковые кисты и свищи удаляют оперативным путем. Перед операцией в свищевой ход вводят красящее вещество. При выделении эмбрионального протока обязательно резецируют подъязычную кость; свищ перевязывают у основания. Рецидивы возникают в тех случаях, когда эмбриональный проток удаляют не полностью. Лечение кист заключаются в полном иссечении с капсулой. Прогноз при правильном выполнении операции благоприятный.
Минимальная травматизация тканей во время операции, использование современной техники, наложение косметических внутренних швов - все это позволяет вернуться к обычному образу жизни в минимальные сроки.